C’è molto Arcipelago Toscano nel rapporto nazionale “Biodiversità a rischio” di Legambiente. Nel capitolo “Le strategie contro le spoecie aliene che  analizza i progetti di maggiore successo di eradicazione delle specie invasive viene sottolineato che il recupero degli ecosistemi originari è possibile «il recupero e «Rappresenta una priorità di conservazione, ad esempio nelle isole con importanti popolazioni ornitiche nidificanti vulnerabili alla predazione dei ratti». Il caso di scuola presentato è quello  «Dell’isola di Montecristo dell’Arcipelago Toscano, dove a due anni dall’eradicazione del ratto nero (Rattus rattus), le berte minori (Puffinus yelkouan) hanno un tasso stabile di riproduzione intorno a 0,9 giovani per coppia».

Il rapporto sdi sofferma con un’intera scheda sulla “Tutela delle Farfalle all’Isola d’Elba ed il Barcoding delle farfalle italiane”, presentato come uno dei più importanti progetti di valorizzazione della fauna italiana.  Nella sceda curata da Legambiente Arcipelago Toscano si ricorda che «Con circa 280 specie residenti, l’Italia è il paese con la più grande diversità di farfalle in Europa (in tutta Europa ne sono note 576).Questa ricchezza è dovuta alla fortunata coesistenza dei più alti rilievi europei con vaste pianure, alla presenza delle più grandi isole del Mediterraneo, nonché all’estensione latitudinale della nostra penisola. Questo patrimonio è però gravemente minacciato a causa della perdita di habitat o di connettività tra habitat, in seguito a cambiamenti nelle pratiche agricole, sia per intensificazione che per abbandono. Importanti minacce sono rappresentate inoltre dai cambiamenti climatici e da uno sviluppo incontrollato del turismo non sostenibile. Per questi motivi particolarmente rappresentativa è l’esperienza del Santuario Ornella Casnati a Monte Perone (Elba) gestito da Legambiente con la consulenza scientifica e tecnica di Leonardo Dapporto, del gruppo di biogeografia ed ecologia degli invertebrati dell’Oxford Brookes University, uno dei maggiori esperti di farfalle e falene europei. Il Santuario è uno dei luoghi dei luoghi più importanti del Mediterraneo per la conservazione della biodiversità delle farfalle, grazie all'altissimo tasso di specie endemiche e relitte presente nell’isola d’Elba. Proprio all'isola d'Elba, infatti, è stata scoperta la presenza di una sottospecie endemica di Zerynthia cassandra, una delle farfalle incluse nella Direttiva Habitat 92/43/CEE, come specie di interesse comunitario e che era considerata estinta da decenni. La creazione del Santuario delle farfalle dedicato espressamente alla loro protezione, al monitoraggio continuo e alla divulgazione di questo patrimonio faunistico, anche con iniziative come la Butterfly Week dall’1 al 6 giugno nell’Arcipelago Toscano, rappresenta un’opportunità unica per conservare le farfalle dell’Arcipelago Toscano. Da segnalare infine  il progetto di barcoding delle farfalle italiane, frutto della collaborazione tra alcuni dei più importanti gruppi di ricerca universitari, operanti sia in Italia sia all’estero, e di Legambiente. Il progetto ha come obiettivo quello di sequenziare il gene barcoding di tutte le farfalle delle regioni italiane, a partire dalle aree protette. Grazie all’indagine genetica, trasformando i dati raccolti in un vero e proprio codice a barre, si potranno  acquisire importanti informazioni per riconoscere quali, tra tutte la farfalle italiane, rappresentino specie e sottospecie a se stanti ed ibridi ancora da descrivere, quali popolazioni formino delle linee genetiche tipiche dell’Italia e come le popolazioni di farfalle italiane siano arrivate ad occupare lo spazio dove oggi vivono.Come ultima e fondamentale informazione, il barcoding potrà rivelare quali popolazioni italiane siano a rischio di estinzione e suggerire dove e come intervenire. Un’opportunità imperdibile non solo per conoscere a fondo questa specie, ma anche per proteggerla nel modo più efficace».