Nell’aprile 2014 un gruppo di persone «che abita e frequenta l'Isola di Giannutri, amanti della natura e di tutto ciò che questo splendido mare ci riserva di vedere e di apprezzare», presentò all’Ente Parco dell'Arcipelago Toscano un esposto denuncia sull’attività di pesca professionale nelle acque dell’isola di Giannutri, in gran parte protette dai vincoli del Parco Nazionale.

Questi cittadini scrivevano: «Da più di un anno assistiamo ad eventi ripetitivi che hanno luogo nelle due aree marine non protette: Golfo dello Spalmatoio e Cala Maestra. Più di una barca di pescatori professionisti posa chilometri di reti nelle suddette aree marine, sconfinando il più delle volte nelle zone parco limitrofe e lasciando led reti in acqua anche per più giorni. Noi non sappiamo se abbiano o meno l'autorizzazione a fare ciò in quanto tenutari di apposita licenza, ma abbiamo assistito alla "pulizia delle reti" ed al rigetto in mare di centinaia di pesci morti e non commerciabili per dimensione e specie, senza contare i piccoli crostacei, le stelle marine e quant'altro contribuisce a rendere unico il mare di Giannutri».

Il gruppo di cittadini sottolineava che «Il parco mare dell'isola è stato concepito a "macchia di leopardo" e le zone interdette alla pesca sono generalmente molto profonde, come risulta dalle batimetriche. La deposizione delle uova dei pesci avviene biologicamente in massima parte nelle zone "libere" che hanno delle profondità più consone per detta funzione. Il conseguente risultato della posa delle reti è che il "mare nostrum" di queste zone è diventato un "mare votum" come risulta dalle esperienze subacquee e dei pescatori sportivi».

Secondo gli scriventi, «L'isola di Giannutri per dimensioni e configurazione è diversa dalle altre isole dell'arcipelago e ci sembrerebbe opportuno e giustificato adottare provvedimenti specifici.Siamo pertanto disponibili ad una collaborazione anche per studiare un fermo pesca nel periodo della riproduzione per salvaguardare il patrimonio ittico dell'isola, auspicando una ordinanza che allontani dalle coste la posa delle reti».

Non avendo ricevuto nessuna risposta, lo stesso gruppo di cittadini nel luglio 2016 ha inviato un altro esposto denuncia, questa volta al ministero dell’ambiente - Direzione generale per la protezione della natura e del mare e per conoscenza ai Carabinieri del Noe, nella quale ricordano la lettera inviata nel 2011 all’Ente Parco ed evidenziano che «Nessun provvedimento da parte degli enti preposti è stato preso da allora, con conseguenze per la fauna marina sempre più disastrose. Oggi dobbiamo aggiungere a quanto già esposto e denunciato, che pure la flora marina del golfo dello Spalmatoio e di Cala Maestra dell'isola di Giannutri, costituita in gran parte da posidonia oceanica è continuamente danneggiata dalla posa di chilometri di reti la cui corda di armamento piombata si incastra il più delle volte, a causa delle forti correnti di marea presenti sull'isola, nei banchi delle praterie marine che al momento del salpaggio con verricello, vengono strappate dai fondali. A noi risulta che la Poseidonea Oceanica è una pianta rigorosamente protetta ( vedi decreti e leggi anche dalla C.E. in merito) e che debbono essere adottati tutti i provvedimenti necessari per la sua salvaguardia. E' evidente che i chilometri di reti posate e salpate con verricello su questi fondali, costituiscono ( così come recita la legge) " un importante fattore di disturbo che comporta il degrado e la distruzione della Poseidonia Oceanica" e che quindi necessita un intervento per impedire questo, come delresto è fatto obbligo dalle stesse leggi e regolamenti in merito».

Il nuovo esposto si conclude con suggerendo che «con una semplice ordinanza da parte della Capitaneria di Porto competente per territorio, sia possibile vietare la posa delle reti,( pericolose anche per i numerosi sub che da tutta Italia vengono a immergersi nelle acque limpidissime di Giannutri), nei luoghi suddetti che hanno batimetriche adatte alla riproduzione della posidonia oceanica (fino a 60 - 70 mt.) e permettere la loro calata nei fondali ad un miglio circa dalla costa dove, come risulta dalle carte nautiche, i fondali non sono più adatti alla riproduzione delle praterie di Poseidonia Oceanica».
Anche questo esposto è rimasto senza risposta e il gruppo di cittadini, stanco di «combattere contro i mulini a vento», ha deciso di rivolgersi a Legambiente Arcipelago Toscano, che aveva già sollevato questi ed altri problemi di Giannutri con dossier e comunicati, e il responsabile del Cigno Verde per Giannutri, Emanuele Zendri, sottolinea che «Ormai da tempo alcuni abitanti dell’Isola di Giannutri denunciano la totale assenza di controllo dell’Isola da parte degli organi competenti. Da diversi anni gruppi di pescatori professionisti posano chilometri di reti da pesca a Cala Spalmatoio e a Cala Maestra entrando anche nella zona 1 e 2 del Parco Nazionale dell’Arcipelago Toscano. Queste reti rimangono lì per giorni e al momento di salparle i pescatori le “ripuliscono” gettando centinaia di pesci morti non commerciabili per dimensione e specie in mare, con un danno enorme alla fauna marina di Giannutri. Inoltre la corda di armamento piombata delle reti calata sul fondale, si incastra nelle praterie di Posidonia oceanica che al momento del salpaggio con verricello vengono strappate dai fondali creando un ulteriore danno all’ecosistema marino dell’Isola».

Anche secondo Legambiente, «I danni creati da queste azioni sono ormai sempre più evidenti a chi frequenta l’Isola per fare snorkeling e immersioni. I pesci sono diminuiti sempre più sia in numero che in taglia in controtendenza con l’effetto rifugio (nelle zone protette normalmente sono presenti gli individui di più grandi dimensioni) che ci si aspetterebbe all’interno di un Parco Nazionale. Un esempio per tutti: da anni a Cala Spalmatoio si rifugiava un branco numeroso di barracuda pinna gialla che tranquillamente sostava sotto le imbarcazioni. Questa presenza ormai divenuta stanziale è totalmente sparita dallo scorso anno e oggi non vi è più traccia».

Zendri conclude ricordando che «Questo scempio viene denunciato ormai da anni sia da Legambiente che dagli abitanti di Giannutri, attraverso comunicati ed esposti al Parco Nazionale che al ministero dell’ambiente e alle forze dell’ordine preposte al controllo, senza però ottenere alcun risultato visibile. Vorremmo quindi, sapere se tutti i pescatori che pescano a Giannutri sono autorizzati, per quali quantitativi di pescato e con quali attrezzi. Se esiste un piano di controllo e di monitoraggio sugli effetti della pesca. Vorremo anche sapere quante volte la Capitaneria di Porto viene a controllare e quante multe siano state fatte da loro e dal Corpo forestale dello Stato e cosa succederà quando quest’ultimo verrà inglobato nei carabinieri. Dato che il mare dell’isola sembra completamente indifeso, vorremmo anche sapere se la protezione del mare di Giannutri sia effettivamente una priorità per le istituzioni coinvolte e quando verrà finalmente istituita l’agognata Area marina protetta che sostituisca vincoli a mare che vengono continuamente violati».