ARPAT svolge una attività di monitoraggio ambientale a 360° delle risorse idriche della Toscana, controllando la qualità delle acque superficiali (fiumi e laghi), delle acque di balneazione (laghi e coste), delle acque marino-costiere, delle acque sotterranee, delle acque fluviali per l'idoneità alla vita dei pesci, delle acque marine per l'idoneità alla vita dei molluschi, delle acque superficiali destinate alla potabilizzazione.
Complessivamente si tratta di oltre 1.300 punti di monitoraggio e di coltre 7.500 campionamenti effettuati annualmente. Anche all'Elba.
Ogni anno per ciascuno di questi monitoraggi l’Agenzia redige un report esaustivo dei dati rilevati. Quest’anno – relativamente al 2012 - è già stato pubblicato quello relativo alle acque di balneazione e quelli relativi Qualità delle acque superficiali.
E’ ora disponibile sul sito dell'Agenzia anche il rapporto sulla qualità delle acque marine per l'idoneità alla vita dei molluschi.
La Regione Toscana, d'intesa con il Ministero delle politiche agricole e forestali (MiPAAF), ha individuato, nell'ambito delle acque marino costiere e salmastre sede di banchi e di popolazioni naturali di molluschi bivalvi e gasteropodi, quelle richiedenti protezione e miglioramento per consentire la vita e lo sviluppo degli stessi e per contribuire alla buona qualità dei prodotti della molluschicoltura direttamente commestibili per l'uomo.
A tale scopo, all’interno di ciascuno dei quattordici corpi idrici significativi in cui sono state suddivise le acque marino costiere della Toscana, è stata individuata una stazione di campionamento al fine di verificare[1] la qualità delle acque di ciascun corpo idrico; la norma prevede di tutelare tutte le aree idonee alla vita dei molluschi indipendentemente dall’uso di queste per scopi produttivi.
Il monitoraggio è finalizzato a formulare alla Regione Toscana una proposta di classificazione delle acque destinate alla vita dei molluschi, sulla base della loro conformità alle caratteristiche previste dalla normativa. Nella seguente tabella è riepilogata la proposta di classificazione formulata per il 2012.

Come si può notare dalla Tabella 6 stazioni su 13 (46%) risultano non conformi: le non conformità sono dovute alla presenza di coliformi fecali; solo la stazione di Porto Santo Stefano presenta una non conformità dovuta oltre che alla presenza di coliformi oltre i valori limite per il 50% dei campionamenti, anche per superamenti nelle concentrazioni di mercurio.